Отображение ярлыков задается параметрами реестра в ветке HKEY_CLASSES_ROOT. Там собраны все расширения, используемые в системе. Данное решение скорее является универсальным, и будет применимо не только к Office.
1. Находим параметр искомого расширения, на котором не отображается иконка (в нашем случае это например .doc), в реестре «HKEY_CLASSES_ROOT\.doc». Значение по умолчанию для данного параметра (для Office 2010) «Word.Document.8».
2. По полученному параметру переходим в реестре «HKEY_CLASSES_ROOT\Word.Document.8». Находим параметр «DefaultIcon». По умолчанию у меня это значение имеет «C:\Windows\Installer\{90140000-0011-0000-0000-0000000FF1CE}\wordicon.exe,1».
3. У меня папки «C:\Windows\Installer\{90140000-0011-0000-0000-0000000FF1CE}» не было. Я скопировал ее с другого компьютера, где с ярлыками все в порядке было (на другом ПК папка будет скорее всего по другому называться, найти ее можно по пунктам 1 и 2), в каталог «C:\Windows\Installer» и переименовал ее в соответствии с параметром «HKEY_CLASSES_ROOT\Word.Document.8\DefaultIcon».
4. Перезагружаем компьютер и проверяем результат.